spermogramme avec ImageJ

spermogramme avec ImageJ

Le plugin CASA "Computer Assisted Sperm Analyzer" permet d'illustrer les principes de l'automatisation du spermogramme avec le logiciel ImageJ.

La fiche technique associée à CASA (7 p.) explique comment installer, paramétrer puis utiliser le plugin.

Le paramétrage (fenêtre sperm tracker) semble particulièrement délicat. Il doit être adapté à chaque type d'eregistrement (le plugin CASA a initialement été développé pour étudier du sperme de poisson). Cela peut-être l'occasion de discuter de ces aspects à moindre coût en réactifs avec les étudiants. Les paramètres utilisés dans l'exemple suivants sont adaptés d'un autre document (How to use ImageJ with CASA plugin, Charles Xu).

La fiche technique donne également un certain nombre de conseils pour la l'enregistrement vidéo des spermatozoïdes au microscope. Le plus simple pour l'importation est de disposer d'un enregistrement au format AVI. Les spermatozoïdes doivent pouvoir être distingués du fond de l'image par "seuillage" (threshold).