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## 20/11/2006 - Gil Voge [gvoge][@][ac-grenoble][fr]
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## Charge la librairie seqinr
library (seqinr)
## Montre la liste des banques de donnes accessibles sur http://pbil.univ-lyon1.fr
choosebank()
## Charge les parametres de connexion pour GenBank dans myGenBank puis affiche ces parametres
myGenBank <- choosebank("genbank")
myGenBank
## Charge dans myList, les noms des sequences de l'espece Gallus gallus et qui sont des sequences codantes et qui ne sont pas partielles
query(listname = "Chicken", query = "sp=Gallus gallus et t=cds et no k=partial")
names(Chicken)
Chicken$nelem
Chicken$req[[1]]
## Récupération des noms et des séquences grâce à la fonction sapply() qui permet d'appliquer la même instruction à tous les éléments d'une liste.
## Attention opérations chronophages : de plusieurs dizaines de minutes à plus d'une heure
myProtName <- sapply(Chicken$req, getName)
myProtSeq <- sapply(Chicken$req, getTrans)
myProtpI <- sapply(myProtSeq, computePI)
## Cloture de la connexion à la banque
closebank("genbank")
## Histogramme de la distribution des pI des séquences du protéome de Gallus gallus
hist(myProtpI, ylim=c(0, 0.3), col="lightgrey", main="Distribution des pI\n dans le proteome de Gallus gallus (6165 sequences)", freq=FALSE, las=1, border="lightgrey", xlab="pI", ylab="Fréquences")
lines(density(myProtpI), col="red")