La faune des boues activées est représentée par :
- zooflagellés
- rhizopodes
- ciliés dont :
- ciliés hypotriches (cils sur un face ventrale à servent à la mobilité)
- ciliés péritriches (cils autour de l'entonnoir buccal à servent à la nutrition)
- ciliés holotriches (cils tout autour du protozoaire à servent à la mobilité)
- tentaculifères
- nématodes
- rotifères
- annélidés
- tardigrades
1. les protozoaires
Rhizopodes
Ciliés Hypotriches
Ciliés Péritriches
Ciliés Holotriches
Tentaculifères
2. les métazoaires
Nématodes
Rotifères